許多凍干機帶有自動控制系統，并同時兼備有手動控制功能但自動控制的方式上各制造廠之間有很大的差別。那么主要有哪些呢？
??所謂凍干機的自動控制應該包括二個部分，一是凍干機的各設備按凍干工藝要求在規定的時間自動運行開關，二是凍干箱板層溫度按凍干曲線要求自動跟蹤，整個凍干進程不需要人工操作，當然如果需要也可人工干預。
??但有些凍干機的自動控制是不完全的，僅能自動跟蹤凍于曲線，其余部分需人工操作。有些凍干機的自動控制僅能到凍干結束，凍干結束之后的箱內壓塞、冷凝器除霜以及蒸汽*不能自動進行需要人工操作。但蒸汽*部分，因涉及到許多閥門控制，人工操作比較麻煩，應該選擇帶自動*程序的凍干機為宜。
??有些凍干機的自動控制采用專門的計算機，操作、編程方便，顯示的語言是凍干專用術語，還帶有打印機，能同時儲存上百種以上的凍干程序每個程序內容可以顯示，整個程序內容可由打印機輸出。而有些凍干機的自動控制使用的是一種儀表，操作、編程均較麻煩可儲存的凍干程序也較少。
??記錄儀對凍干機來說也是一個很重要的儀器，它能把整個凍干的實際過程真實地記錄下來，以便日后存查，記錄儀大都采用多點記錄儀，現在更有新式的混合式記錄儀它既能打點又能直接進行文字記錄，并配有數字顯示系統。